上海交大生物醫學工程專業自成立以來，以培養具有國際競爭力的學術創新及行業領軍人才為目標，共計培養了1600余名本科畢業生及1500余名研究生畢業生。在老一輩生醫工校友中，涌現出了邁瑞醫療副董事長成明和、深圳市理邦精密儀器股份有限公司總裁張浩、上海聯影醫療科技股份有限公司董事長兼首席執行官張強等一批產業精英，成為中國醫療器械產業的中堅力量；也培養出美國NIH終身高級研究員楊一鴻、美國約翰霍普金斯大學放射系和生物醫學工程系講席教授陸漢璋等一批學術精英，活躍在生醫工前沿研究的世界舞臺上。同時，21世紀的新生代生醫工校友也開始在產業界和學術界暫露頭角，2013屆博士奚巖創建了江蘇一影醫療設備有限公司、2007屆博士金鑫入選國家高層次人才成果豐碩。

生醫工校友積極投身生物醫藥高端產業領域，為國家健康事業的發展做出積極貢獻；同時秉承“飲水思源，愛國榮校”的校訓，感恩母校，回饋母校。在以成明和、姚佳、胡昆為代表的眾多熱心校友的捐贈下，設立了“成明和姚佳教席基金”、“姚佳優秀教師獎勵基金”、“生物醫學工程校友獎助學金”、“80103班獎教金”、“80193班、80211班、80271班校友獎助學金”等校友基金，獎勵優秀教師與學生，資助生醫工的困難學生。生醫工校友每年都會返校與師生座談，為學院的學生培養、產業化、學科發展積極獻策獻力。